Qəbələ şəhəri Azərbaycanın qədim şəhərlərindəndir.  Mənbələrdə Qəbələ adı Vostani-Martspan (yəni fars canişini – mərzbanın paytaxtı) adlandırılan Kavaqak kimi də çəkilir.

Qəbələnin xarabalıqları orta əsrlər şəhər yerindən 2 km cənub-şərqdə, Çuxur Qəbələ kəndinin yaxınlığında, Qafqaz dağlarının ətəklərində, Qaraçay və Covurluçay arasındakı geniş təpədədir. Hər tərəfdən qala divarları və bürclərlə əhatə olunmuş iki böyük hissədən – Səlbir və yerli əhalinin Govurqala adlandırdığı qaladan ibarətdir. Onlardan şərqdə, Covurluçayla, Qoçalançay arasındakı geniş düzənlikdə məbəd yeri nekropolu və tikinti qalıqları vardır. Qəbələnin ətrafı meşə və vadilərlə zəngindir. Şəhər onu əhatə edən dağ kəndləri ilə yaxşı müdafiə olunurdu.

XVIII əsrin ortalarında Qəbələ öz əvvəlki əzəmət və əhəmiyyətini itirmiş, əhali tədricən buradan köçmüşdür. Bu vaxt Qəbələ ərazisində kiçik feodal dövləti olan Qutqaşen sultanlığı yaradılmışdır. Qutqaşen sonralar mahal kimi Şəki xanlığının tərkibinə daxil olmuş, Şəki xanlarının təyin etdiyi naiblər tərəfindən idarə edilmişdir. Şəki xanlığının süqutundan sonra Qutqaşen mahal kimi Şəki qəzasının tərkibinə daxil olmuşdur. 8 sentyabr 1930-cu ildə Azərbaycan Respublkiasının İnzibati rayonlarından biri kimi Qutqaşen rayonu yaradılmışdır. Qəbələ ərazisi 4 yanvar 1963-cü ildə Ağdaş rayonunun tərkibinə qatılmış, 17 yanvar 1964-cü ildən yenidən ayrıldıqda inzibati rayona çevrilmişdir. Rayonun adı 7 fevral 1991-ci ilə qədər Qutqaşen, həmin tarixdən isə rayonun qədim adı bərpa edilərək Qəbələ adlandırılmışdır.